Die Produktion von Biomasse führt - unabhängig von ihrem späteren Verwendungszweck - in vielen Fällen zu ökologischen und sozialen Problemen. Angesichts des steigenden Energie- und Ressourcenverbrauches, wachsender Bevölkerungszahl, dem Klimawandel und den knapper werdenden Ressourcen (Ackerflächen, Wasser, Böden, natürliche Ökosysteme)  wirkt sich jeder zusätzliche Druck zunehmend schädlich auf Umwelt und Gesellschaft aus.

So werden immer noch Jahr für Jahr wertvolle Ökosysteme wie Wälder, Feuchtgebiete und Savannen auch für die Entnahme oder den Anbau von Biomasse vernichtet. Weitere Umweltprobleme sind der hohe Wasserverbrauch, Versalzung und Erosion von Böden, Belastung mit Düngemitteln und Pestiziden oder der Einsatz genetisch manipulierter Organismen. Obwohl der Einsatz nachwachsender Rohstoffe oftmals klimaschonender sein kann als die Verwendung von Materialien auf Basis fossiler Rohstoffe (Kohle, Erdöl, Erdgas), kann sich deren Produktion aber auch sehr negativ auf das Klima auswirken - wenn etwa Torfwälder oder Grünland für den Anbau von Biomasse zerstört werden.

Die Erzeugung von Biomasse zur Energiegewinnung wirkt sich häufig negativ auf die Lebensumstände von Menschen aus. Für den Anbau werden immer mehr Felder und Plantagen in Anspruch genommen, die vorher der Erzeugung von Nahrungsmitteln oder anderen dringend benötigten Produkten dienten. Dies führt in vielen Fällen zur Verdrängung oder gar Enteignung von Menschen und letztlich zum Verlust ihrer Lebensgrundlage. Das Menschenrecht auf eine angemessene Ernährung wird hier gefährdet oder gar verletzt.

Doch auch die Arbeitsbedingungen selbst sind es, die viele Menschen in Not bringen. Schwere, gefährliche, schmutzige und gesundheitsschädliche Arbeiten sind beispielsweise aus dem Zuckerrohranbau in Brasilien bekannt geworden, wo sogar immer wieder Fälle von Sklavenarbeit aufgedeckt werden. Gewerkschaftsrechte, die angemessene Entlohnung und die Sicherheit vieler Beschäftigter sind weitere Probleme. Auch Umweltschäden wie schmutziges Wasser und mangelndes Trinkwasser sind gleichermaßen soziale Probleme.  Leider sind in den Nachhaltigkeitsverordnungen auf deutscher und EU-Ebene bislang keine Sozialkriterien verankert. Dies zu ändern, ist eines der wichtigsten Ziele von Menschenrechts- und Umweltorganisationen.